Powstała początkowo jako zespół, a potem Zakład Mikrobiologii Technicznej  w Instytucie Przechowalnictwa i Technologii Ěżywności w 1970 r. Jej organizatorem,  pierwszym kierownikiem i dyrektorem był prof. Jerzy Sobieszczański. Uczestniczył on  w zapoczątkowanych przez prof. Natalię  Balicką z Katedry Mikrobiologii Rolnej badaniach wykonywanych na zlecenie Ministerstwa Rolnictwa USA, co umoĚźliwiło wyposaĚźenie  Zakładu w nowoczesną aparaturę. Profesor J. Sobieszczański był skutecznym w działaniu organizatorem. Dbał o wszechstronny rozwój kierowanej przez siebie jednostki. Sam prowadząc badania głównie z zakresu mikrobiologii gleby, utworzył zespoły mikrobiologii przemysłowej i biochemii technicznej. W 1982 r. w strukturze Wydziału powstał Zakład (samodzielny) Mikrobiologii Technicznej i Ěżywności, przemianowany w 1987 r. na Katedrę Biotechnologii i Mikrobiologii Ěżywności, kierowaną do przejścia na emeryturę (1990 r.) przez prof. Jerzego Sobieszczańskiego, a następnie przez kuratora – prof. dr hab. Teresę Smolińską.

Od 1993 do 2006 r. Katedrą kierowała prof. dr hab. Maria Wojtatowicz prowadząca wraz z zespołem badania nad biosyntezą kwasu cytrynowego przez droĚźdĚźe Yarrowia lipolytica z uĚźyciem róĚźnych substratów i systemów hodowlanych. Poszerzyła ona problematykę badawczą Katedry o zagadnienia z obszaru mikrobiologii Ěźywności. Dotyczą one m.in. mikroflory droĚźdĚźowej serów oraz opracowania szczepionek droĚźdĚźowych dla serowarstwa. Prowadzone były równieĚź badania nad wykorzystaniem droĚźdĚźy jako czynników biokontroli ograniczających rozwój patogenicznych grzybów  i zanieczyszczenie Ěźywności mykotoksynami (dr Regina Stempniewicz). Od roku 2002  w Katedrze rozwijane są badania z zakresu biologii molekularnej. Utworzono specjalistyczne, dobrze wyposaĚźone laboratorium oraz powołano zespół badawczy, który pod kierownictwem dr hab. Małgorzaty Robak prowadzi badania nad molekularną identyfikacją i róĚźnicowaniem droĚźdĚźy występujących w Ěźywności oraz nad zwiększaniem potencjału biotechnologicznego droĚźdĚźy Yarrowia lipolytica metodami inĚźynierii genetycznej. Od roku 2006 kierownikiem Katedry jest prof. Waldemar Rymowicz. Pod jego kierunkiem kontynuowane są badania  z zakresu biosyntezy kwasu cytrynowego przez droĚźdĚźe i podejmowane są nowe kierunki, jak: biosynteza kwasu szczawiowego z lipidów, droĚźdĚźy paszowych z odpadowego glicerolu oraz biosynteza erytrytolu z glicerolu przez droĚźdĚźe Yarrowia lipolytica. W zespole biochemii prof. Danuta Witkowska i dr hab. Anna Rodziewicz zajmują się charakterystyką i zastosowaniem w gospodarce enzymów pochodzenia drobnoustrojowego degradujących substraty ligninocelulozowe i odpady keratynowe z przetwórstwa drobiowego i mięsnego

Katedra owocnie współpracowała z ośrodkami uniwersyteckimi w Helsinkach  i Hameenlinna (Finlandia), Grignon (Francja), DreĹşnie, Berlinie oraz z Rosyjską Akademią Nauk w Moskwie.

W Katedrze zatrudnionych jest trzech profesorów i dwóch doktorów habilitowanych na stanowisku profesora nadzwyczajnego oraz dziewięciu doktorów.