Jednostka powstała na bazie Katedry Mechanizacji Rolnictwa, utworzonej w 1950 r. przy Wydziale Rolnym Uniwersytetu i Politechniki we Wrocławiu. Organizatorami Katedry byli: prof. dr Czesław Kanafojski i prof. dr Roman Fąfara. W latach 1951–1959 kierownikiem Katedry był dr Zbisław Martini. W następnych pięciu latach obowiązki kierownika pełnił dr Jan Bogdanowicz pod kuratelą prof. Bolesława Świętochowskiego. Od 1965 r. kierownikiem Katedry, a póĹşniej, od 1970 r., kiedy to utworzony został Instytut Mechanizacji Rolnictwa, jego dyrektorem był prof. dr hab. Jan Bogdanowicz. Od 1995 r. Instytutem kierował prof. dr hab. Eugeniusz Kamiński. W roku 1998 nastąpiła zmiana nazwy na Instytut InĚźynierii Rolniczej. W latach 1999–2009 dyrektorem Instytutu był prof. dr hab. Józef Szlachta, a obecnie kieruje nim dr hab. Józef CieĚź.

Po restrukturyzacji przeprowadzonej w 2009 r. w skład Instytutu wchodzą cztery zakłady:

• Zakład InĚźynierii Systemów Agrotechnicznych i Bezpieczeństwa Pracy zajmujący się technologiami prac maszynowych, zwłaszcza w terenach górzystych, optymalizacją maszyn ochrony roślin, bezpieczeństwa i ochrony zdrowia człowieka, optymalizacją układów jezdnych i konstrukcji maszyn pracujących na terenach urzeĹşbionych, zmiennością charakterystyki gleby poddanej obróbce maszynowej, zuĚźyciem narzędzi rolniczych i optymalizacją procesów skrawania gruntów rolniczych.
• Zakład Techniki Cieplnej i InĚźynierii Procesowej zajmujący się problemami wymiany ciepła podczas suszenia produktów rolniczych, matematycznym modelowaniem procesów suszenia, optymalizacją zuĚźycia energii przy suszeniu, wykorzystaniem niekonwencjonalnych Ĺşródeł suszenia.
• Zakład InĚźynierii Produkcji Zwierzęcej i Bioenergetyki zajmujący się doskonaleniem doju i systemów udojowych, metodami i technikami przeróbki i przygotowania pasz, badaniem cech elektrycznych ziaren polskich odmian zbóĚź i ich wykorzystaniem w procesach separacji, a takĚźe przetwarzaniem surowców biologicznych i odpadów w energię.
• Zakład Podstaw Techniki zajmujący się  badaniem cech wytrzymałościowych i reologicznych materiałów roślinnych, biologicznymi skutkami stosowania techniki w rolnictwie. Ponadto Zakład podejmuje badania i działalność edukacyjną w zakresie wykorzystania energii wiatru, słonecznej oraz geotermalnej.

W roku 2009 Instytut wzbogacił się o nowy budynek (Centrum BioinĚźynierii), w którym znajdują się nowocześnie wyposaĚźone laboratoria, sale dydaktyczne, sale komputerowe, biblioteka oraz pokoje dla pracowników. Budynek ten zastąpił tak zwany pawilon namysłowski, stanowiący istotną część pomieszczeń dydaktycznych oraz laboratoryjnych Instytutu przez blisko 30 lat. Ponadto, dzięki adaptacji hali maszyn (nowej) w Instytucie powstało Centrum Odnawialnych Ěťródeł Energii. W skład Centrum wchodzą: laboratorium energii wiatrowej, solarnej i geotermalnej, laboratorium biogazu oraz laboratorium przetwarzania biomasy.

W Instytucie pracują: siedmiu profesorów, siedmiu doktorów habilitowanych, 21 adiunktów ze stopniem doktora, czterech wykładowców i jeden asystent.

Instytut nawiązał współpracę z zagranicznymi uczelniami rolniczymi i technicznymi w Republice Czeskiej (Praha, Brno, Ceske Budejovice, Hradec Kralove) i Słowacji (Nitra) oraz z Uniwersytetem Rolniczym w Uppsali – Szwecja, Cemagref we Francji, Katolickim Uniwersytetem w Leuwen – Belgia. Prowadzone są takĚźe wspólne prace badawcze z Uniwersytetem w Alicante (Hiszpania) oraz z Wydziałem Mechanicznym University of Nottingham w Malezji.