Katedra wywodzi się z powołanego w 1948 r. samodzielnego Zakładu Zoologii Rolniczej i Entomologii Stosowanej Uniwersytetu i Politechniki we Wrocławiu. Kierował nim wówczas dr Jan Ruszkowski. Po utworzeniu w 1951 r. WyĚźszej Szkoły Rolniczej i oddzieleniu się Zakładu Zoologii powstała Katedra Zespołowa Ochrony Roślin. Do 1961 r. kierownikiem Katedry był prof. dr J. Ruszkowski, następnie kierownictwo objęła prof. dr Irena Ruszkowska (1961–1970). Katedra składała się z Zakładu Entomologii Stosowanej, kierowanego przez prof. Irenę Ruszkowską oraz Zakładu Fitopatologii, kierowanego przez doc. dr hab. Wandę Truszkowską. W 1954 r. w ramach Katedry Entomologii Stosowanej został utworzony pierwszy w Polsce Zakład Techniki Ochrony Roślin, kierowany przez dr. inĚź. Adama Goosa. Dwa lata póĹşniej wszystkie te zakłady zostały przekształcone w samodzielne Katedry – Entomologii Stosowanej, Fitopatologii oraz Techniki Ochrony Roślin. 1 września 1970 r. nastąpiła kolejna zmiana struktury wewnętrznej Uczelni. Pokrewne katedry zostały połączone w instytuty uczelniane, podległe bezpośrednio rektorowi. W miejsce dotychczasowych trzech, wcześniej wymienionych katedr, powstał Instytut Ochrony Roślin, z podzespołami naukowo-dydaktycznymi odpowiadającymi poprzedniej strukturze. Dyrektorami nowo powstałego instytutu byli prof. dr hab. Jadwiga Opyrchałowa (1970–1976), a następnie prof. dr hab. Czesław Kania (1976–1982). We wrześniu 1982 r. ponownie na Uczelni powrócono do struktury katedr. Zespoły Entomologii Rolniczej i Techniki Ochrony Roślin utworzyły Katedrę Entomologii Rolniczej. Kierownikiem został prof. dr hab. Czesław Kania (1982–1993), a w kolejnych latach prof. dr hab. Maria Goos (1993–2000). Zespół Fitopatologii przekształcony został w Katedrę Fitopatologii, a kierownictwo obejmowały kolejno prof. dr hab. Wanda Truszkowska (1982–1987), prof. dr hab. Maria Dorenda (1987–1996) i dr inĚź. Włodzimierz Kita (1996–2000).

W 2000 r. Senat Akademii Rolniczej podjął uchwałę, na mocy której połączył katedry Entomologii Rolniczej i Fitopatologii w Katedrę Ochrony Roślin. Rektor powołał na kierownika tej Katedry prof. dr. hab. Michała Hureja. Trzy lata póĹşniej Katedrę Ochrony Roślin połączono z Katedrą Mikrobiologii Rolniczej, której wieloletnim kierownikiem była prof. Natalia Balicka, a następnie prof. dr hab. Stanisław Pietr. Kierownikiem nowo powstałej Katedry Ochrony Roślin został wybrany prof. dr. hab. Michał Hurej. Obecnie w skład Katedry Ochrony Roślin wchodzą trzy zakłady – Zakład Entomologii Rolniczej (kierownik – prof. dr hab. Michał Hurej), Zakład Fitopatologii i Mikologii (kierownik dr hab. ElĚźbieta Pląskowska) oraz Zakład Mikrobiologii Rolniczej (kierownik – prof. dr hab. Stanisław Pietr). W Katedrze pracują: dwóch profesorów, trzech doktorów habilitowanych, 13 doktorów oraz jeden wykładowca.

W Katedrze Ochrony Roślin realizowane są następujące zadania badawcze:

• szkodliwa i poĚźyteczna entomofauna oraz szkodliwość patogenów w zmieniających się agroekosystemach i na terenach zurbanizowanych;
• wpływ zabiegów agrotechnicznych na szkodliwość wybranych agrofagów;
• rola drobnoustrojów saprofitycznych w kształtowaniu warunków wzrostu roślin