Pracownia została powołana przy Katedrze Zoologii w 1969 r. Pierwszym wyposaĚźeniem pracowni były wypoĚźyczone z Instytutu Chemii Organicznej PAN w Warszawie: mikroskop elektronowy „Elmi 2” oraz ultramikrotom.

Na pierwszego kierownika pracowni została powołana dr Ryszarda Turska, pracownik dydaktyczny Katedry Zoologii, która kierowała jednostką do 1979 r. W latach 1980–2007 pracownią kierowała dr Zofia Czarna, a od 2008 r. kierownikiem jest dr Krzysztof Marycz.

W 1974 r. pracownię wyposaĚźono w mikroskop transmisyjny (TEM) „BS 613”, dwa ultra mikrotomy BS 490A oraz napylarkę, w 1979 r. zakupiono mikroskop rastrowy (skaningowy SEM) „BS 300”. Obecnie Pracownia jest wyposaĚźona w 4 mikroskopy elektronowe (2 – TEM i 2 – SEM).

W pracowni badane są preparaty w zakresie: budowy ultrastruktur komórkowych oraz tkanek roślinnych i zwierzęcych w stanach fizjologicznych i patologicznych, morfologii organizmów jednokomórkowych, chemizmu komórki na poziomie ultrastrukturalnym, ultrastruktury mleka, krwi, gleby, skał, minerałów budowlanych, stopów metali, tworzyw sztucznych itp. oraz analizy składu pierwiastkowego próbek utrwalanych standardowo lub zamroĚźonych w ciekłym azocie.

Pracownia Mikroskopii Elektronowej w 2002 r. na wniosek prof. Tadeusza Szulca została przeniesiona z ul. Norwida do nowego obiektu przy ul. KoĚźuchowskiej. Aktualnie zatrudnia 4 pracowników.