Katedra Melioracji i InĚźynierii Rolnej, poprzedniczka dzisiejszego Instytutu, jest najstarszą jednostką organizacyjną na Wydziale InĚźynierii Kształtowania Środowiska i Geodezji. Została utworzona 15 grudnia 1945 r. Praktycznie, rozpoczęła swoją działalność  1 lutego 1946 r. po przyjeĹşdzie do Wrocławia prof. dr. hab. inĚź. Stanisława Baca, który został jej pierwszym kierownikiem. Tego samego dnia podjął pracę w Katedrze na stanowisku adiunkta inĚź. Jan Wierzbicki, a od 1 września jako młodszy asystent Rudolf Hohenberg. Nazwa Katedry ulegała zmianie – od 23 listopada 1951 r. jej nazwa brzmiała Katedra  Melioracji Rolnych – zatrudnionych było 11 osób, a kierownikiem był prof. dr inĚź. Stanisław Bac. W 1954 r. zmieniono jej nazwę na Katedrę Melioracji Rolnych i Leśnych z trzema zakładami: Melioracji Rolnych, Melioracji Leśnych, Rolniczego Wykorzystania Ścieków.  W 1956 r. kierownictwo Katedry przejęła doc. mgr Maria Trzebińska. Funkcję tę pełniła aĚź do przejścia na emeryturę (1967). Od 1967 r. kierownikiem Katedry był doc. dr hab. Stanisław Marcilonek; utworzono teĚź czwarty Zakład Organizacji i Mechanizacji Robót Melioracyjnych.

Po wprowadzeniu w uczelniach instytutowej struktury organizacyjnej dotychczasową Katedrę przekształcono w Instytut Melioracji Rolnych i Leśnych z czterema zakładami:

• Melioracji Rolnych – kierownik prof.  •dr hab. inĚź. Jan Szymański (1971–1988), doc. dr hab. Leszek Pływaczyk (od 1988 r.), 
• Eksploatacji Systemów Melioracyjnych – kierownik prof. • dr hab. Stanisław Marcilonek (1971–1988), doc. dr hab. inĚź. Krzysztof Nyc (od 1989 r.),

• Organizacji i Technologii Robót Wodno-Melioracyjnych • – kierownik doc. dr Donat Dejas,

• Rolniczego Wykorzystania Ścieków – kierownik prof. • dr hab. Józef Boćko (1967–1980), prof. dr hab. Jan Kutera (1980–1992).

W 1987 r. utworzono piąty Zakład Melioracji Odwadniających – kierownik doc. dr hab. Stanisław Kostrzewa.

Dyrektorami Instytutu byli: prof. dr hab. Stanisław Marcilonek (1971–1991), prof. dr hab. Stanisław Kostrzewa (1991– 2006) oraz prof. dr hab. Leszek Pływaczyk (od 2006 r.) a zastępcami dyrektora: prof. dr hab. Jan Szymański (1971–1988), prof. dr hab. Stanisław Kostrzewa (1988–1991), prof. dr hab. Krzysztof Nyc (1991–1994 i 1997–2006), dr hab. inĚź. Andrzej Drabiński, prof. nadzw. (1994–1997), prof. dr hab. Marian Rojek (2006–2009) oraz dr Wojciech ́yczko (od 2009 r.)

Wraz z powoływaniem nowych kierunków studiów i zmianami profili kształcenia studentów Instytut rozszerzał liczbę swoich specjalności naukowo-dydaktycznych, a wraz z nimi zmianie ulegała jego nazwa: Instytut Melioracji Rolnych i Leśnych (1971–1992), Melioracji i Kształtowania Środowiska (1993–2000), Instytut Kształtowania i Ochrony Środowis ka (od 1 września 2000 r.). Od 1993 r. działały w Instytucie cztery zakłady: InĚźynierii Ekologicznej  i Oczyszczania Ścieków w Rolnictwie (kierownik – prof. dr hab. inĚź. Stanisław Kostrzewa), Melioracji i Bu downictwa Stawowego (kierownik – prof. dr hab. inĚź. Leszek Pływaczyk), Eksploatacji Systemów Melioracyjnych (kierownik – prof. dr hab. inĚź. Krzysztof Nyc) oraz Organizacji i Technologii Robót Melioracyjnych i Budowlanych (kierownik – doc. dr inĚź. Donat Dejas – do 1994 r., dr hab. inĚź. Andrzej Reinhard, prof. nadzw. AR – od 1994 r.),  a takĚźe trzy laboratoria: wód i ścieków, melioracji i fizyki gleb, modelowania procesów środowiskowych.

W roku 2001 w skład Instytutu została włączona jako Zakład – Katedra Agro-  i Hydrometeorologii. Obecnie działają w Instytucie cztery zakłady: Agro- i Hydrometeorologii, (kierownik – dr hab. inĚź. Andrzej Ěżyromski, prof. nadzw.), InĚźynierii Ekologicznej  i Oczyszczania Ścieków  (kierownik – prof. dr hab. inĚź. Anna Pływaczyk), Melioracji Wodnych (kierownik – dr hab. inĚź. Romuald Ěżmuda), Planowania, Realizacji i Eksploatacji Systemów Gospodarczo-Wodnych (kierownik – dr hab. inĚź. ElĚźbieta Bondar-Nowakowska, prof. nadzw.)  i dodatkowo Obserwatorium Agro- i Hydrometeorologii Wrocław-Swojec.

W okresie minionych 65 lat (1946–2010) działalności Katedry, a następnie Instytutu zatrudnionych było łącznie 75 pracowników naukowo-dydaktycznych oraz 65 inĚźynieryjno- -technicznych i administracyjnych. Ich dorobkiem naukowym było wydanie 39 podręczników i skryptów, 1 776 publikacji naukowych oraz uzyskanie siedmiu patentów. 74 pracowników otrzymało stopień doktora, 24 doktora habilitowanego, 13 tytuł naukowy profesora.

W roku 2010 Instytut zatrudniał: trzy osoby z tytułem naukowym profesora, cztery ze stopniem doktora habilitowanego, ośmiu doktorów na stanowisku adiunkta, jednego doktora na stanowisku starszego wykładowcy, sześciu doktorantów, dziewięciu pracowników inĚźynieryjno-technicznych i administracyjnych. Ponadto w pracach Instytutu aktywnie uczestniczą pracownicy emerytowani: prof. dr hab. Stanisław Kostrzewa, prof. dr hab. Krzysztof Nyc,  prof. zw. dr hab. Jan Kutera, prof. dr hab. Stanisław Bac (jr.) oraz doc. dr Donat Dejas.

Główne kierunki badań naukowych realizowanych w Instytucie obejmują następujące zagadnienia: doskonalenie technik oraz technologii odwadniania i nawadniania, a takĚźe eksploatacji systemów melioracyjnych, modelowanie obiegu wody w profilu glebowym, systemach wodno-melioracyjnych i terenach do nich przyległych, wpływ technologii i organizacja robót konserwacyjnych w ciekach na stan i jakość środowiska, wpływ spiętrzenia rzeki na warunki wodne doliny, melioracje miejskie i terenów zieleni, wpływ pogody i klimatu na wzrost, rozwój i plonowanie roślin.

Instytut w okresie 65-letniej działalności zorganizował ponad siedemdziesiąt regionalnych i ogólnopolskich konferencji oraz seminariów naukowych.

W historii Instytutu na trwałe zapisało się wielu pracowników, którzy juĚź odeszli,  a wśród nich profesorowie: Stanisław Bac, Józef Boćko, Stanisław Marcilonek, Stanisław Hus, Maria Trzebińska, Andrzej Reinhard oraz doktorzy: Ireneusz Pytel, Stanisław Nowiński i Jan Medyk.