Lata 90. przyniosły wreszcie pełną i rzeczywistą autonomię Akademii Rolniczej we Wrocławiu. Wprowadzona na fali demokratycznych przemian ustawa o szkolnictwie wyĚźszym przywracała prawdziwą samorządność wyĚźszym uczelniom. Nowym rektorem wybrany został prof. Jerzy Kowalski, który piastował stanowisko przez dwie kadencje (1990–1996). 24 maja 1991 r. Senat uchwalił nowy Statut Uczelni. Szybko jednak okazało się, Ěźe nowa rzeczywistość ekonomiczna stawia przed nią zupełnie nowe zadania i konieczność dostosowania się do zmienionych warunków. Początek tej dekady był zatem trudnym czasem dla Akademii Rolniczej i wymusił konieczność głębokich zmian w strukturze administracyjnej i socjalnej oraz gospodarce finansowej. Niezbędne były oszczędności i cięcia, zaś środki pieniężne przeznaczone przez Ministerstwo Edukacji Narodowej wystarczały z trudem na działalność dydaktyczną, stawiając przed władzami Uczelni niełatwe zadanie utrzymania jej dorobku i majątku94. Niełatwa sytuacja materialna wymusiła zmniejszenie liczby pracowników, przede wszystkim personelu technicznego, o 25%. Nie najlepsze płace spowodowały takĚźe odpływ części kadry naukowej95.

   Sytuacja Uczelni poprawiła się wyraĹşnie w czasie dwóch kadencji rektorskich prof. Tadeusza Szulca (1996–2002). W tym czasie udało się unowocześnić bazę naukowo- -badawczą na Uczelni i zakładach doświadczalnych. Zainicjowano tworzenie nowych kierunków studiów i zamiejscowych ośrodków kształcenia w czterech województwach makroregionu96. Utworzono takĚźe stypendium naukowe im. Stanisława Tołpy przeznaczone dla młodych pracowników naukowych i studentów z krajów byłego ZSRR, a takĚźe Fundację na rzecz Edukacji i Doradztwa Rolniczego oraz Gospodarki Przestrzennej FUNDAR, Centrum Kształcenia Ustawicznego oraz Ośrodek Badań Dendrologicznych – Arboretum.

   Według stanu na 31 grudnia 2000 r w Akademii Rolniczej zatrudnionych było około 1 400 pracowników, z czego połowę stanowili nauczyciele akademiccy, wśród nich ponad 160 profesorów i doktorów habilitowanych97.

   Lata 90. przyniosły takĚźe podpisanie nowych umów  o współpracy m.in. z Akademią Medycyny Weterynaryjnej we Lwowie, Uniwersytetem Weterynarii i Farmacji  w Brnie, Badawczym Instytutem Górnictwa i Metalurgii  w Changsha w Chinach, Instytutem Łąk i Pastwisk i Gospodarki Górskiej w Bańskiej Bystrzycy, Uniwersytetem Biologii Stosowanej w Moskwie, uniwersytetami w Atenach, Bari, Fredericksbergu, Gandawie, Giessen, Granadzie, Leridzie, Stuttgarcie, Uppsali, Czeskich Budziejowicach oraz Uniwersytetem Medycyny Weterynaryjnej w Wiedniu. Realizowano takĚźe 9 projektów w ramach programu TEMPUS. Na początku lat 90. nastąpiło natomiast ograni- czenie współpracy w ramach umów zawartych w latach 1988– 1990 z uczelniami radzieckimi. W 2000 r. Akademia Rolnicza współpracowała z 30 uniwersytetami na świecie w ramach umów dwustronnych, w tym z 16 w krajach Unii Europejskiej98.

   W tym czasie, kaĚźdego roku Uczelnia realizowała około 90 projektów badawczych oraz prawie sto umów na zlecenie róĚźnych jednostek gospodarczych. Wyniki prowadzonych badań ukazywały się corocznie w blisko 1 500 publikacjach, w tym 1/5 stanowiły artykuły zamieszczane w periodykach zagranicznych. O renomie AR świadczy fakt, Ěźe jest ona organizatorem krajowych i międzynarodowych kongresów i konferencji (41 w 2000 r.),  zaś wielu jej pracowników naleĚźy do organizacji naukowych skupiających członków z całego świata.

   W 1995 r. środowisko akademickie obchodziło 50. rocznicę działalności naukowej i dydaktycznej w powojennym Wrocławiu. W Akademii Rolniczej były wówczas zatrudnione 1 472 osoby, w tym 640 nauczycieli akademickich (114 profesorów). Uczelnia liczyła 5 189 studentów i 20 wolnych słuchaczy. W 1995 r. podjęto decyzję o przywróceniu egzaminów wstępnych na studia, kontynuowano równieĚź reformę programów i planów studiów polegającą na przeniesieniu części przedmiotów podstawowych na studia magisterskie. Reformy były wskazane, gdyĚź w tym czasie zaczęła powstawać sieć wyĚźszych szkół zawodowych, które mogły stanowić konkurencję dla szkół publicznych.  

   Pomimo trudności finansowych Uczelni stale zwiększano liczbę przyjmowanych studentów, a takĚźe uruchamiano nowe studia podyplomowe. Od 1991 r. zaznaczył się wzrost naboru na studia. Niewątpliwie, było to takĚźe związane z wprowadzeniem rok póĹşniej systemu rekrutacji bez egzaminów wstępnych, opartego na konkursie świadectw i rozmowie kwalifikacyjnej. Niekorzystną stroną tego zjawiska był duĚźy odsiew studentów na I roku (np. aĚź 62% na kierunku mechanizacja rolnictwa, na innych kierunkach ta liczba przekroczyła 20%).

   W czasie trwania kadencji rektora T. Szulca moĚźna zobserwować takĚźe dynamiczny wzrost liczby studentów stacjonarnych i zaocznych, zwiększający się w latach 1996–2002 prawie dwukrotnie – z 6 770 do 1 0174 osób. Towarzyszyło temu  jednak niekorzystne zjawisko zmniejszenia poziomu dotacji przyznawanej przez resort na jednego studenta. Jednocześnie,  w ciągu dekady, do 2002 r. liczba nauczycieli akademickich zmniejszyła się o ponad 10 proc. Utrudniało to moĚźliwości dobrego kształcenia, jednak kierownictwo Uczelni podjęło działania mające na celu zniwelowanie tych ujemnych skutków. Najlepszy przykład stanowi przynanie  przez Komisję Akredytacyjną Unii Europejskiej akredytacji dla kierunku weterynaria. Pozostałe osiem kierunków studiów, realizowanych w pełnym cyklu przez Uczelnię, zostało pozytywnie ocenionych przez Komisję Akredytacyjną, powołaną przez Konferencję Rektorów Uczelni Rolniczych. Od paĹşdziernika 1999 r. na Akademii Rolniczej wprowadzono takĚźe zajęcia  w języku angielskim na kierunku weterynaria i, wraz z Brandenburskim Uniwersytetem Technicznym w Cottbus, międzynarodowe studia w zakresie zarządzania środowiskiem.

   Dzięki wprowadzeniu od roku akademickiego 1995/1996 systemu punktów kredytowych zwiększała się z kaĚźdym rokiem równieĚź liczba studentów i doktorantów kontynuujących część studiów na renomowanych uniwersytetach europejskich w ramach programów TEMPUS, Socrates/Erasmus, Leonardo da Vinci i innych99.

    W 1994 r. wznowiono takĚźe studia doktoranckie na wydziałach: Melioracji i InĚźynierii Środowiska, Rolniczym i Zootechnicznym, a rok póĹşniej Medycyny Weterynaryjnej  i Technologii Ěżywności. W ciągu trzech lat przyjęto 108 osób, a w roku 2000 było ich juĚź 216100.

    Nowym elementem kształcenia było uruchomienie nauczania poza Wrocławiem.  W paĹşdzierniku 1994 r. otwarto ośrodek w Nysie. Rok póĹşniej otwarto studia zawodowe na kierunku inĚźynieria środowiska w Chróstniku. W 1998 r. kierunki rolnictwo i zootechnika powstały w Lututowie, zaś technologia Ěźywności w Wojsławicach. W paĹşdzierniku utworzono zamiejscowy punkt kształcenia w BoĚźkowie z kierunkiem marketing. Od 2000 r. studia rolnicze prowadzone są równieĚź w Szprotawie i Biedrzychowicach, a rok póĹşniej kierunek technika rolnicza i leśna uruchomiono w Głubczycach (woj. opolskie).

    Demokratyzacja Uczelni od lat 90. umoĚźliwiła takĚźe działanie autentycznego samorządu studenckiego. Jego przedstawiciele uczestniczą w pracach komisji uczelnianych i wydziałowych, biorą udział w obradach Senatu, prowadzą działalność informacyjną  i interwencyjną oraz opiniują wnioski związane ze studentami. Podjęto równieĚź współpracę z Międzynarodowym Stowarzyszeniem Studentów Rolnictwa oraz przygotowano nowy regulamin studiów.

    WaĚźnym elementem w gospodarce rynkowej stała się prawidłowa promocja Uczelni.  W 1992 r. rozpoczęto wydawanie miesięcznika „Głos Uczelni”, zaś od 1996 r. działa Biuro Informacji i Promocji Absolwentów.

   Nowa sytuacja ekonomiczna lat 90. wymusiła natomiast sprzedaĚź, dzierĚźawę oraz restrukturyzację Rolniczych Zakładów Doświadczalnych. Spora część rolniczych zakładów okazała się niepotrzebna do prowadzenia badań, gdyĚź nie tylko nie przynosiła dochodu, ale rodziła straty. Pod koniec wieku Uczelnia posiadała RZD Pawłowice, Magnice, Pruszowice, Szczodre, ́osice, Kamień, Piecowice, Samotwór oraz Sudecki RZD w Radomierzu i Stację Badawczo-Dydaktyczną Katedry Ogrodnictwa w Piastowie. Uległy one jednak istotnym przeobraĚźeniom. Z pięciu jednostek organizacyjnych obecnie funkcjonuje tylko RZD Pawłowice, obejmujące takĚźe gospodarstwo w Swojcu, pozostałe zakłady zostały przemienione na stacje badawcze, wydzierĚźawione, a w jednym zakładzie utworzono spółkę pracowniczą. Sprzedano m.in. większość mieszkań zakładowych i nieprzydatne obiekty produkcyjne, pałace oraz część działek budowlanych. Nowe i modernizowane obiekty w zakładach doświadczalnych tworzą nowoczesną bazą dydaktyczno-badawczą.

   Trudna sytuacja finansowa nie przerwała w latach 90. modernizacji Uczelni, która  z własnych środków wybudowała chłodnię dla Katedry Anatomii Zwierząt. Powołano równieĚź Uczelniane Laboratorium Analityczne, dysponujące nowoczesną aparaturą pomiarową. Ostatnie lata XX w. to takĚźe oddanie do uĚźytku wiwarium dla zwierząt doświadczalnych Wydziału Medycyny Weterynaryjnej, szklarni doświadczalnych, nowoczesnej fermy krów mlecznych, zakończenie budowy obiektów dla Wydziału Biologii i Hodowli Zwierząt, nowej hali wegetacyjnej oraz nowych magazynów dla Biblioteki Głównej.

   Podczas powodzi w 1997 r., określanej jako powódĹş stulecia, zniszczeniu uległy liczne obiekty i budynki uczelni, ponadto całkowicie zalane zostały doświadczalne pola uprawne  w Swojcu. Straty poniesione przez Uczelnię oszacowano na 1 873 140 zł. Mimo tych tragicznych wydarzeń Uczelnia szybko powracała do swojej świetności. Zmodernizowano praktycznie wszystkie sale wykładowe Uczelni. W 1996 r. otwarto takĚźe nowoczesny ośrodek sportowy. W 2000 r. zakończono budowę obiektu dydaktyczno-naukowego dla Wydziału Nauk o Ěżywności. Dwa lata póĹşniej oddano do uĚźytku nowe inwestycje – laboratorium technologii geodezyjnych dla Wydziału InĚźynierii Kształtowania Środowiska i Geodezji, pracownię komputerową dla Wydziału Nauk o Ěżywności. W okresie kadencji rektorskiej prof. T. Szulca podjęto równieĚź istotne decyzje dotyczące budowy kompleksu obiektów Wydziału Biologii i Hodowli Zwierząt oraz Centrum Dydaktyczno-Naukowego przy pl. Grunwaldzkim, które oddano do uĚźytku w 2005 r. a takĚźe krytej pływalni na Biskupinie otwartej w 2006 r.

   W okresie kadencji rektorskiej prof. Michała Mazurkiewicza (2002–2008) i kolejnej – prof. Romana Kołacza (od 2008 r.) nastąpił dalszy planowy i harmonijny rozwój Uczelni. Jednocześnie dostrzec moĚźna wzmocnienie jej pozycji i prestiĚźu. Porozumienie zawarte między uczelniami rolniczymi (Program MostAR) umoĚźliwiło studentom Akademii Rolniczej realizację części studiów w wybranej innej Uczelni tego typu w Polsce. Ogromnym wyróĚźnieniem dla Akademii Rolniczej było uzyskanie w marcu 2004 r. ECTS Label, przyznawanego uczelniom przez Komisję Europejską, jako jednej z dziesięciu w Europie i jedynej w Polsce. Owocnie rozwijała się teĚź współpraca z gospodarką i makroregionem południowo-zachodniej Polski. W 2005 r. utworzono wraz z innymi partnerami Dolnośląskie Centrum Zaawansowanych Technologii.