W 1945 r. w ramach Instytutu Botanicznego Uniwersytetu i Politechniki we Wrocławiu powstał Zakład Botaniki Rolniczej. Organizatorem i pierwszym kierownikiem tego Zakładu był prof. dr hab. Stanisław Tołpa. Wraz z powstaniem WyĚźszej Szkoły Rolniczej Zakład został przekształcony w Katedrę Botaniki. W 1962 r. powołano w ramach Katedry Zakład Mikologii, który istniał do 1971 r. Po reorganizacji Wydziału Katedra Botaniki weszła w skład Instytutu Biologii Roślin  i Biofizyki. W 1971 r. powstała Pracownia Biologii i Biochemii Torfów. Po rozwiązaniu struktury instytutowej  w 1982 r. powstała ponownie Katedra Botaniki i Fizjologii Roślin z dwoma zakładami: Botaniki oraz Fizjologii Roślin.  W roku 2004 po włączeniu Zakładu Fizjologii Roślin do Katedry Ěżywienia Roślin jednostkę przemianowano na Katedrę Botaniki i Ekologii Roślin. W latach 1977–2007 Katedrą kierował prof. dr hab. Jerzy Fabiszewski, następnie funkcję tę pełnił prof. dr hab. Jan Matuła (2007–2009). Obecnie Katedrą kieruje dr hab. Teresa Brej. W zespole dydaktyczno-naukowym pracują: jeden profesor tytularny, pięciu adiunktów ze stopniem doktora habilitowanego, siedmiu adiunktów ze stopniem doktora, jeden starszy wykładowca i jeden asystent. 

Działalność naukowo-badawcza Katedry koncentruje się wokół następujących problemów:

• badanie naturalnych ekosystemów niĚźowych i górskich na Dolnym Śląsku;
• ekologia skaĚźeń przemysłowych oraz ocena moĚźliwości ochrony środowiska przyrodniczego;
• trwałość siedlisk i zbiorowisk torfowiskowych;
• ekologiczne siedliska polarne na przykładzie Spitsbergenu;
• biologia roślin inwazyjnych i ich zagroĚźenie dla róĚźnorodności florystycznej.

Katedra współpracuje z wieloma krajowymi i zagranicznymi instytucjami naukowymi, m.in. z Uniwersytetami w Leicester (Wielka Brytania), Pradze (Czechy), Sienie (Włochy).