Poprzednikiem dzisiejszego Instytutu InĚźynierii Środowiska był Instytut Budownictwa Wodnego i Ziemnego powstały w 1971 r. w wyniku reorganizacji Uczelni z połączenia trzech katedr: Budownictwa Wodnego, Gruntoznawstwa i Budownictwa Ziemnego oraz Mechaniki i Konstrukcji Budowlanych. Katedry, z których powstał Instytut, wchodziły w skład Wydziału Melioracji Wodnych od momentu jego powołania (1951 r.). Kierownikiem Katedry Budownictwa Wodnego (z zakładami: Hydrauliki i Budowli Wodnych, Hydrologii i Regulacji Rzek, Zaopatrzenia w Wodę i Kanalizacji Osiedli Wiejskich) był prof. dr hab. Jan Wierzbicki (1951–1968), a po jego przejściu na emeryturę Katedrę objął prof. dr Zbigniew Dziewoński. Kierownikiem Katedry Gruntoznawstwa i Budownictwa Ziemnego był doc. dr Bolesław Broś, natomiast Katedrą Mechaniki i Konstrukcji Budowli kierował st. wykładowca dr Jarosław Bojanowski.

Funkcje dyrektora ówczesnego i obecnego Instytutu kolejno pełnili: prof. dr hab. Julian Wołoszyn (1971–1979 i 1980–1990), prof. dr hab. Włodzimierz Parzonka (1979–1980), prof. dr hab. Stanisław Czaban (od 1990 r. do chwili obecnej).

Funkcje zastępcy dyrektora pełnili kolejno: prof. dr hab. Włodzimierz Parzonka (1971–1979), prof. dr hab. Jerzy Kowalski (1979–1989), doc. dr hab. Stanisław Czaban (1989–1990), dr Henryk Orzeszyna (1991–2006), dr Daniel Garlikowski (od 2006 r.).

Od 1 paĹşdziernika 1973 r., w ramach reorganizacji Wydziału, Zakład Zaopatrzenia  w Wodę i Kanalizacji Osiedli Wiejskich (kierowany przez prof. A. Szpindora) został przeniesiony do powstałego Instytutu Budownictwa Rolniczego. Po ponownej reorganizacji Wydziału (w styczniu 2010 r.) Zakład Zaopatrzenia w Wodę, pod obecną nazwą Infrastruktury i Techniki Sanitarnej (kierowany przez prof. K. Kuczewskiego), znalazł się w strukturze Instytutu InĚźynierii Środowiska, natomiast Zakład Mechaniki Budowli i Konstrukcji InĚźynierskich przeszedł w skład powołanego 1 stycznia 2010 r. Instytutu Budownictwa.

W 1993 r. zmieniono nazwę Instytutu na Instytut InĚźynierii Środowiska. W 2010 r. w Instytucie działają cztery zakłady i cztery laboratoria: Zakład Geotechniki i Wód Podziemnych (kierownik – prof. J. Kowalski, następnie prof. A. Czamara), Zakład InĚźynierii Wodnej i Hydrotransportu (kierownik – kolejno: prof. W. Parzonka,  prof. J. Sobota, prof. M. Mokwa), Zakład Hydrologii i Gospodarki Wodnej (kierownik – kolejno: prof. J. Wołoszyn, prof.  L. Radczuk, prof. W. Czamara), Zakład Mechaniki i Konstrukcji InĚźynierskich (kierownik – kolejno: dr J. Bojanowski, prof. W. Parzonka, prof. J. Kempiński), Laboratorium Geotechniczne (dr T. Molski), Laboratorium Technologii Betonów i Wytrzymałości Materiałów (dr hab. St. Klin), Laboratorium Wodne (kolejno: dr A. Omelański, prof. M. Mokwa, dr R. Głowski) i Laboratorium CAD  (dr W. Fiałkiewicz).

W 2010 r. w Instytucie zatrudnionych było 51 pracowników, w tym: siedem osób z tytułem naukowym profesora, cztery osoby ze stopniem doktora habilitowanego, 22 doktorów na stanowisku adiunkta, czterech doktorów na stanowisku starszego wykładowcy, trzech asystentów oraz 13 pracowników inĚźynieryjno-technicznych i administracyjnych. Ponadto obecnie w pracach Instytutu aktywnie uczestniczą emerytowani profesorowie: Jerzy Kowalski, Włodzimierz Parzonka  i Laura Radczuk.

Od momentu powstania jednostki 15 jej pracowników uzyskało tytuł profesora,  18 osób uzyskało stopień doktora habilitowanego, 84 – stopień doktora.

Liczba publikacji Instytutu od czasu powstania jednostki to około 3 000 prac, w tym 10 podręczników i 25 skryptów. Jednocześnie od roku 1950 w Instytucie wykonano blisko 1 900 prac umownych. Zgłoszono w tym czasie 12 patentów.

Badania naukowe Instytutu obejmują zagadnienia: bezpieczeństwo budowli wodnych, geotechnika ziemnych budowli hydrotechnicznych, inĚźynieria ekologiczna, hydrauliczne badania modelowe budowli wodnych, hydrotransport, kształtowanie i wykorzystanie zasobów wodnych, modelowanie matematyczne procesów cyklu hydrologicznego, ochrona duĚźych aglomeracji przed powodzią i modelowanie sterowania falą powodziową, modelowanie przepływu wody w ciekach z uwzględnieniem transportu rumowiska, optymalizacja pracy pompowni, optymalne rozwiązania techniczno-ruchowe śluz Ěźeglugowych, projektowanie i gospodarka wodna na zbiornikach retencyjnych, składowanie i zagospodarowanie stałych odpadów górniczych i przemysłowych oraz ocena ich wpływu na środowisko, systemy rozprowadzania wód zanieczysz czonych, technologia, konstrukcja i eksploatacja nasypów hydrotechnicznych z gruntów spoistych i organicznych, technologia betonów hydrotechnicznych, wpływ działalności człowieka na ilościowe i jakościowe zmiany śro dowiska w szczególności wód powierzchniowych i podziemnych, zaopatrzenie w wodę miast i wsi, kanalizacja, oczyszczanie ścieków, modelowanie hydrodynamiczne sieci kanalizacyjnych, gospodarka osadami, uzdatnianie wód, eksploatacja systemów sanitarnych, wykorzystanie środowiska naturalnego do oczyszczania małych ilości ścieków, modelowanie procesów wód i ścieków.

Instytut InĚźynierii Środowiska przy współpracy z Uniwersytetem w Hanowerze zorganizował w ramach programu TEMPUS (Trans-European Mobility Scheme for University Studies) studia podyplomowe z zakresu gospodarki wodnej Woda i Środowisko.

W latach 1950–2010 Instytut zorganizował bądĹş współorganizował wiele konferencji, niektóre cykliczne: Transport and sedimentation of solid particles, Odra i jej dorzecze, Bezpieczeństwo i trwałość budowli wodnych, Mała retencja w ochronie środowiska, Współczesne problemy inĚźynierii środowiska, Bliskie naturze kształtowanie dolin rzecznych.

W historii Instytutu na trwałe zapisało się wielu pracowników, którzy juĚź odeszli, a wśród nich profesorowie: Jan Wierzbicki, Zbigniew Dziewoński, Julian Wołoszyn, Adam Szpindor, Bolesław Broś i Stanisław Klin, adiunkci: Tomasz Barbacki, Mieczysław RóĚźański, Zbigniew Janiak, Franciczek WoĹşny, Bogusław Gałoński, Antoni Omelański, a takĚźe pracownicy inĚźynieryjno-techniczni: Mieczysław Karpiński, Zdzisław Piela, Roman Sura i Paweł Krzestoń.