Utworzony został w 2009 r. z połączenia Katedry Zoologii i Ekologii oraz Zakładu Limnologii i Rybactwa. Instytutem kieruje – dr hab. Joanna Mąkol, a jej zastępcą jest dr hab. Ryszard Polechoński. W skład Instytutu wchodzą:

• Zakład Antropologii – kierownik dr hab. Krzysztof Borysławski,
• Zakład Ekologii Kręgowców i Paleontologii – kierownik prof. dr hab. Leonid Rekovets,
• Zakład Hydrobiologii i Akwakultury – kierownik dr hab. Wojciech Dobicki,
• Zakład Systematyki i Ekologii Bezkręgowców – kierownik dr hab. Joanna Mąkol

W stadium organizacji znajdują się: Muzeum BioróĚźnorodności oraz Pracownia Preparatyki.

Aktualnie kadrę Instytutu stanowi 17 nauczycieli akademickich, w tym 2 z tytułem profesora, 6 posiadających stopień doktora habilitowanego i 9 ze stopniem doktora.

Zakład Antropologii jest nową jednostką organizacyjną, utworzoną dzięki zatrudnieniu: dr. hab. Krzysztofa Borysławskiego, dr. hab. Barbary Kwiatkowskiej i dr. Jacka Szczurowskiego, byłych pracowników Katedry Antropologii Uniwersytetu Wrocławskiego. W skład Zakładu wszedł równieĚź dr Dariusz Nowakowski, antropolog, juĚź wcześniej zatrudniony w Katedrze Zoologii i Ekologii. Na potrzeby Zakładu przeznaczono kilka pomieszczeń w budynku przy ul. KoĚźuchowskiej 6. Zakład posiada bogaty zbiór kompletnych szkieletów ludzkich. W Zakładzie znajduje się Pracownia Ergonomiczna i Pracownia Osteologiczna.

Zakład Systematyki i Ekologii Bezkręgowców oraz Zakład Ekologii Kręgowców i Paleontologii zostały utworzone przez pracowników Katedry Zoologii i Ekologii.

Katedra Zoologii utworzona została w 1951 r. na bazie Zakładu Zoologii Rolniczej i Entomologii Stosowanej Uniwersytetu i Politechniki we Wrocławiu. W latach 1970–1982 Katedra wchodziła w skład Instytutu Biologicznych Podstaw Produkcji Zwierzęcej jako zakład, przy którym w 1972 r. utworzona została Pracownia Mikroskopii Elektronowej.  W 1982 r., po rozwiązaniu Instytutu, utworzono Katedrę Zoologii.  W 1999 r. pracownię wyłączono z Katedry, tworząc nową wydziałową jednostkę – Pracownię Mikroskopii Elektronowej. W 2002 r. zmieniono nazwę Katedry na Katedra Zoologii i Ekologii.

Pierwszym organizatorem Katedry w ramach Wydziału Zootechnicznego WSR był doc. dr hab. Stanisław Liskiewicz, po nim kierownictwo w 1952 r. objął prof. dr. Eugeniusz Grabda. W 1954 r. na stanowisko kierownika Katedry powołany został prof. dr hab. Stanisław Chudoba, wieloletni dziekan Wydziału Zootechnicznego. W latach 1974–1975 Katedrą kierował doc. dr hab. Stanisław Humiński, a następnie do 1991 r.  prof. dr hab. Ryszard Haitlinger. W 1991 r. funkcję kierownika Katedry objęła dr Zofia Czarna, następnie od 1998 do 2001 r. dr hab. Tadeusz Zatwarnicki. W latach 2001–2002 kierownictwo jednostki przejął dziekan prof. dr hab. Zbigniew Dobrzański, w latach 2002–2003 dr Zofia Czarna, od 2003 do 2004 r. dr Grzegorz Kopij, w latach 2004–2006 ponownie dr Zofia Czarna, a od 2007 r. prof. dr hab. Grzegorz Gabryś.

W Zakładzie zgromadzono liczne zbiory paleontologiczne i w stadium organizacji znajduje się Pracowania Paleontologiczna. Zakład mieści się w budynku przy ul. Chełmońskiego 38c.

Zakład Hydrobiologii i Akwakultury utworzyli pracownicy Zakładu Limnologii i Rybactwa. W Zakładzie, który mieści się w budynku przy ul. Chełmońskiego 38c, funkcjonują: Laboratorium Hydrochemiczne, Pracownia Akwarystyczna oraz Pracownia Hydrobiologiczna.

Zakład utworzony został w 1945 r. jako Katedra Limnologii i Rybactwa na Wydziale Rolnym Uniwersytetu i Politechniki we Wrocławiu. W latach 1963–1970 przy Katedrze działał Zakład Gospodarki Stawowej. W latach 1970–1981 Katedra wchodziła w skład Instytutu Biologicznych Podstaw Produkcji Zwierzęcej jako Zakład, w 1982 r. reaktywowano Katedrę Limnologii i Rybactwa. W 2001 r. przekształcono Katedrę w Zakład Limnologii i Rybactwa wchodzący w skład Katedry Higieny Zwierząt  i Ichtiologii.

Działalność naukowa Zakładu koncentruje się na zagadnieniach limnologii teoretycznej, przyrodniczych podstawach rybactwa śródlądowego oraz ochrony wód przed zanieczyszczeniem. Wiodącymi tematami realizowanymi w Katedrze są badania nad składem chemicznym wód rzecznych, stawowych i jeziorowych Polski. Organizatorem i pierwszym kierownikiem Katedry (do 1970 r.) był prof. dr hab. Marian Stangenberg,  w latach 1970–1982 – kiedy Katedra wchodziła jako Zakład w skład Instytutu Biologicznych Podstaw Produkcji Zwierzęcej – prof. dr hab. Krystyna Oporowska, w latach 1982–2007 – prof. dr hab. ElĚźbieta Szulkowska-Wojaczek, a następnie dr hab. Wojciech Dobicki.