Zajęcia na Uczelni wznowiono zgodnie z zarządzeniem ministerialnym 25 stycznia 1982 r. Po rezygnacji prof. Józefa DzieĚźyca obowiązki rektora krótko pełnił prorektor  ds. nauki, prof. Eligiusz Roszyk. W marcu stanowisko to objął mianowany przez władze stanu wojennego prof. Henryk Balbierz. Zajęcia ze studentami zaocznymi i na piątym roku studiów dziennych rozpoczęto wcześniej, 8 stycznia 1982 r. Na wszystkich Wydziałach zorganizowano spotkania studentów z pracownikami naukowymi, na których zapoznano ich  z zasadami działania Uczelni w okresie stanu wojennego, jego rygorami i nowym Tymczasowym Regulaminem Studiów73. Od 21 stycznia zniesione zostały posterunki kontrolne  w gmachu głównym Akademii Rolniczej i w budynku Wydziału Melioracji Wodnych, natomiast przez pewien czas utrzymany był całodobowy dyĚźur członków Obrony Cywilnej  w schronie Kliniki Chorób Wewnętrznych oraz dyĚźury ruchome.

   Rozwojowi Uczelni, w okresie trwania stanu wojennego, nie sprzyjała weryfikacja kadry nauczającej, zarządzona wiosną 1982 r. przez Ministerstwo Nauki Szkolnictwa WyĚźszego i Techniki. W jej wyniku zwolniono i rozwiązano umowy o pracę z 48 osobami. Wykorzystano przy tym fakt, Ěźe część z nich nie podnosiła swych kwalifikacji. Szczególnie Ĺşle wyglądała sytuacja na Wydziale Technologii Ěżywności, który zagroĚźony był likwidacją. Po wprowadzeniu stanu wojennego prawie wszyscy członkowie PZPR z tego Wydziału złoĚźyli legitymacje partyjne, co w opinii władz politycznych stanowiło wystarczający pretekst do rozwiązania Wydziału, przeniesienia go na Akademię Ekonomiczną lub podziału między Wydziały Rolniczy i Zootechniczny. Ostatecznie jednak, dzięki działaniom dziekana prof. Wacława Leszczyńskiego, Technologia Ěżywności przetrwała, ograniczono jednak nabór na I rok studiów74.

   W tym czasie  zaczęto takĚźe odwoływać wybranych dziekanów i prodziekanów, podejrzanych o sympatię z Solidarnością. Stanowisko utracili m.in. internowani przez władze prodziekan Wydziału Rolniczego Jerzy Drozd, dziekan Wydziału Weterynaryjnego Jerzy Zwierzchowski i jego zastępca Dionizy Zięba75 oraz Bolesław Ěżuk, dziekan Wydziału Zootechnicznego.

   ChociaĚź Ministerstwo Nauki, Szkolnictwa WyĚźszego i Techniki przygotowało specjalną dyrektywę, w której nakazało uczestnictwo studentów w zajęciach społeczno-politycznych (jeden przedmiot na semestr), aby wzmocnić ideologiczne oddziaływanie na młodzieĚź, nie dało to spodziewanych przez władze rezultatów. JuĚź wiosną 1982 r. na terenie Uczelni pojawiły się ręcznie pisane ulotki nawołujące do strajku w dniu 13 maja. Ostatecznie, wskutek przeprowadzenia rozmów ze studentami oraz przedstawienia zaostrzonych sankcji, jakie czekają uczestników protestu (z relegowaniem z Uczelni włącznie), do jego zorganizowania nie doszło76. Stan podwyĚźszonego pogotowia ze strony władz Uczelni moĚźna odnotować takĚźe pod koniec paĹşdziernika 1982 r., co wiązało się z wprowadzeniem przez rząd uchwały mającej spacyfikować uczelnie wyĚźsze77. Zgodnie z zaleceniami Ministerstwa Szkolnictwa WyĚźszego i Techniki rektor Henryk Balbierz zdecydował o wprowadzeniu dyĚźurów w akademikach. Zgodnie z zapisem uchwały skreślono takĚźe jedną osobę z listy studentów, która skazana została za udział w manifestacjach niepodległościowych78.

   Pomimo prześladowań członkowie podziemnej Solidarności prowadzili oĚźywioną działalność. Pracownicy i studenci urządzali milczące protesty w holu gmachu głównego, szczególnie liczne 13 maja i 11 listopada 1982 r. Próbą zneutralizowania siły związkowców były aresztowania pracowników Uczelni podejrzewanych o wspieranie NSZZ Solidarność  14 grudnia 1983 r., a takĚźe działania milicji przed Uczelnią i podwórzu następnego dnia, która rewidowała wchodzących i wychodzących z budynku. SB dopuściła się takĚźe aresztowania dr Jana Hutnego, podczas jego kolokwium habilitacyjnego w czerwcu 1982 r.79 Problemy ze znalezieniem się w rzeczywistości stanu wojennego miał natomiast uczelniany NZS, bowiem część z liderów została internowana, a inni zaangaĚźowali się w działalność podziemną poza Akademią Rolniczą. Do historii przeszedł członek niezaleĚźnej uczelnianej organizacji Jarosław Hyk, który został potrącony przez milicyjną ciężarówkę w czasie demonstracji we Wrocławiu 31 sierpnia 1982 r. Scena ta została sfilmowana i pokazana w wielu światowych telewizjach. Na szczęście, ciężko ranny student przeĚźył wypadek. Odrodzenie podziemnego NZS na Akademii Rolniczej wiązało się z przyjściem na Uczelnię nowych roczników studentów w latach 1985/198680.

   Odgórnymi inicjatywami powstałymi w tym czasie w Akademii Rolniczej był Patriotyczny Ruch Odrodzenia Narodowego (grupa inicjatywna powstała 20 grudnia 1982 r.), zaś w kwietniu następnego roku reaktywował swoją działalność Związek Nauczycielstwa Polskiego, który liczył 165 osób (ZNP, istniejący na Uczelni od 1952 r., został rozwiązany po wprowadzeniu stanu wojennego)81.

   Wiosna 1982 r. przyniosła takĚźe Ěźarliwą dyskusję nad statutem Uczelni, stanowiącym owoc przemyśleń i projektów zapoczątkowanych jeszcze w czasach „Solidarności”. Artykuł 1 głosił, iĚź „Akademia Rolnicza we Wrocławiu ... jest samorządną państwową wyĚźszą szkołą akademicką posiadającą osobowość prawną”. Wprowadzona juĚź w czasie trwania stanu wojennego, jeszcze na fali solidarnościowych przemian, nowa ustawa o szkolnictwie wyĚźszym zapewniała Uczelni wysoki stopień autonomii, w tym wybieralność władz (1982 r.). Jednak trzy lata póĹşniej, na skutek monitów komitetów uczelnianych partii, władze zmieniły ją, pozbawiając Akademię Rolniczą wywalczonej z trudem samodzielności w podejmowaniu większości kluczowych decyzji i przywracając kontrolę lokalnych władz PZPR na Uczelni82.

   Od początku roku akademickiego 1982/1983 wprowadzono nową strukturę, stanowiącą rezultat ustaleń przyjętych przez Rady Wydziałów. Instytuty i katedry zostały podzielone na specjalistyczne zakłady. Na niektórych wydziałach (Weterynaryjnym i Technologii Ěżywności) całkowicie zrezygnowano ze struktury instytutowej83.

   Na początku dekady ogólna liczba pracowników Uczelni, kierowanej do 1984 r. przez prof. Henryka Balbierza, a potem prof. Bronisława Jabłońskiego (do 1986 r.) zbliĚźała się do dwóch tysięcy, z tego nauczyciele akademiccy stanowili ok. 1/3 ogólnej liczby pracowników.

   W roku akademickim 1982/1983 przyjęto 713 osób na I rok studiów. Za interesujący moĚźna uznać fakt, Ěźe więcej młodzieĚźy pochodziło ze środowisk robotniczych niĚź z chłopskich, a odsetek młodzieĚźy inteligenckiej był większy niĚź osób pochodzenia robotniczo-chłopskiego84. Jeszcze w roku akademickim 1982/1983 na Akademii Rolniczej studiowało 5 148 studentów, w tym 4 172 na studiach dziennych i 976 osób na zaocznych85.

   Lata 80. przyniosły mniejsze zainteresowanie studiami rolniczymi, zwłaszcza na kierunku melioracje wodne. Zmniejszony nabór na studia stacjonarne spowodowany był takĚźe niĚźem demograficznym. Liczba uczącej się młodzieĚźy spadła z 3 496 w roku akademickim 1984/1985 do 3 021 osób trzy lata póĹşniej. Zmalał takĚźe nabór na studia zaoczne (z 532 do 458 osób w tym samym czasie)86.

   ChociaĚź jeszcze w 1980 r. zakończono budowę Kliniki Chirurgicznej i pawilonu dla Instytutu Mechanizacji Rolnictwa, to jednak marnotrawstwo i duĚźa liczba usterek spowodowały, Ěźe z budynków nie moĚźna było w pełni korzystać jeszcze przez trzy lata87. Nauczanie nadal więc odbywało się w niewystarczającej bazie lokalowej, często dysponującej wyeksploatowaną aparaturą naukową i sprzętem. Dopiero od 1987 r. rozpoczęto modernizację sal dydaktycznych odpowiadającą wymogom nowoczesnej dydaktyki. Utworzone zostały takĚźe pierwsze pracownie komputerowe88.

   W roku akademickim 1984/1985, będącym jubileuszem czterdziestolecia polskiej nauki we Wrocławiu, Uczelnia rozpoczęła wydawanie kwartalnika Biuletyn Akademii Rolniczej we Wrocławiu. W tym czasie wydano takĚźe szereg wydawnictw jubileuszowych, w tym Bibliografię waĚźniejszych publikacji naukowych pracowników Akademii Rolniczej we Wrocławiu za lata 1945–1984. Otwarto równieĚź własną księgarnię, co ułatwiło dostęp do wydawnictw naukowych pracownikom naukowym i studentom.

   W latach 1982–1989 kontynuowano współpracę naukową z zagranicznymi uczelniami rolniczymi w Pradze i Brnie, WyĚźszą Szkołą Weterynaryjną w Brnie, uniwersytetami w Rostocku, Debreczynie i Nowym Sadzie, Instytutem Górniczym w Lenigradzie i Państwowym Instytutem Politechnicznym w Tuluzie. W 1985 r. podpisano porozumienie o współpracy naukowej, kulturalnej i technicznej z Uniwersytetem w Mosulu, a rok póĹşniej nawiązano współpracę z WyĚźszą Szkołą dla Rolniczych Spółdzielni Produkcyjnych w Miśni89.

   Lata 80. przyniosły pewne pozytywne zmiany w produkcji RZD. Ich modernizacja zaowocowała zwiększeniem produkcji. W roku akademickim 1983/1984 osiągały one najlepsze wyniki wśród wszystkich tego typu zakładów na terenie całego kraju. Te rezultaty były moĚźliwe takĚźe dlatego, Ěźe RZD należące do Akademii Rolniczej posiadały określoną specjalizację, wynikającą z wieloletniego doświadczenia. Nadal jednak pracę utrudniała słaba i niedostosowana do potrzeb baza lokalowa90.